Czyszczenie budek lęgowych zarówno dla ptaków, jak i nietoperzy (choć te ostatnie nie wymagają czyszczenia) należy przeprowadzać w okresie jesienno-zimowym, tj. od 16 października do końca lutego. Mimo to należy pamiętać, że w niektórych budkach mogą zimować małe ssaki np. żołędnice, koszatki czy popielice. W przypadku zauważenia takiego miejsca, z czyszczeniem budki należy wstrzymać się do wiosny (w/w ssaki objęte są ochroną gatunkową).

Do czyszczenia budek lęgowych należy założyć rękawiczki. Po otworzeniu budki należy usunąć stare gniazdo czy też inne nieczystości. Mroźna zima zazwyczaj wybije wszelkie zarazki i pasożyty, jednakże budki zamieszkałe przez sikorki czy muchołowki należy sparzyć wrzątkiem lub opalić. Natomiast przy budkach dla dużych ptaków (typ D, E) należy wysypać trochę trocin na dno.

Jest to także dobry moment na sprawdzenie stanu budki przed kolejnym sezonem lęgowym. Budkę lęgową można pomalować np. drewnochronem lub lakierem; budek dla nietoperzy nie powinno się malować, gdyż nietoperze są bardzo wrażliwe na zapachy. Nie należy uszczelniać dna skrzynki lęgowe, gdyż nieszczelność umożliwia odprowadzanie nadmiaru wody i usuwania pasożytów.

Natomiast nieszczelności w dachu muszą zostać załatane np. szpachlą, papą, blachą czy pcv.

Budka lęgowa może zostać uszkodzona przez ptaki poprzez rozkucie otworu wlotowego. W takim przypadku można zastosować odpowiednią nakładkę na otwór wlotowy. Należy sprawdzić także sposób zamocowania budki na drzewie lub ścianie. W przypadku wątpliwości co do zawieszenia skrzynki należy wymienić listwę lub haczyk, a w ostateczności całkowicie zmienić sposób mocowania np. na drut, taśmę, otwory nawiercone w budce do zawieszenia na kołkach czy też zamocowanie budki na kątownikach.

Na okres zimy budek lęgowych nie powinno się zdejmować i chować, gdyż stają się one schronieniem w czasie deszczów czy opadów śniegu dla ptaków i małych ssaków.